La fecha de fundación de Irapuato ha sido fuente de polémica. La fecha establecida -y que ha permanecido tradicionalmente- es el 15 de febrero, por lo que se realizan eventos conmemorativos. Sin embargo, datos del Archivo Histórico revelan que existen otras posibilidades, debido a las mercedes para la fundación de estancias en Irapuato, como las que se entregaron al español Francisco Hernández el 30 de abril de 1556 y a Francisco de Lemus el 6 de enero de 1576. Sin embargo, Irapuato fue reconocida como Ciudad el 17 de noviembre de 1893.
Podemos citar a varios autores que han estudiado el tema, siendo uno de ellos J. Jesús Rodríguez Frausto, quien en su estudio titulado Irapuato se refiere a la Cédula de Fundación fechada el 15 de febrero de 1547. El autor la extrajo textualmente del libro Apuntes para la historia de Irapuato de Pedro Martínez de la Rosa, quien hace, a su vez, alusión a dos fuentes: el Semanario de Agricultura y Ganadería en su edición correspondiente al 22 de mayo de 1896 y El Progreso de México del mismo año, y quien propone como presentador de la antedicha Cédula de fundación a Hipólito Chambón, el que no se percató de que se mencionaba a don Luis de Velasco como virrey cuando éste aún no gobernaba.
Antes que Hipólito Chambón, el doctor José Guadalupe Romero publicó en 1862 algunas inexactitudes en los nombres de los primeros españoles pobladores de Irapuato; posiblemente Chambón se basó en él y creó confusión al respecto. Por otro lado, Pedro González, influido también por el doctor Romero, en su conocida Geografía local del estado de Guanajuato, además de afirmar la fecha manejada como "de fundación", dice que Vasco de Quiroga fue el fundador. Cabe aclarar que Irapuato para entonces formaba parte del Obispado de Michoacán, a cargo del cual estaba Vasco de Quiroga, pero se carece de pruebas que den fe de la presencia física de este personaje en nuestra Ciudad, aunque la influencia de su filosofía se reflejó en el Hospital de Indios Tarascos, que dio servicio a la población.
Don Fulgencio Vargas aventuradamente opina que los fundadores de Irapuato fueron hombres de don Nicolás de San Luis Montañez, sin presentar prueba alguna.
El doctor Wigberto Jiménez Moreno, en su obra La colonización y evangelización de Guanajuato en el siglo XVI (1944), hace notar los anacronismos de la Cédula, y en una segunda edición (1958) afirma que no existió en Irapuato una "población formal" sino hasta 1589, en que se fundó la Congregación de este nombre, según documento encontrado por Pedro Martínez de la Rosa, quien en su artículo titulado "Ciudades del Bajío: Irapuato como Congregación" (publicado en el periódico excelsior el 2 de mayo de 1954) subraya los hechos que a continuación se mencionan: 1) El 30 de abril de 1557, el virrey don Luis de Velasco firmó la merced en favor de don Francisco Hernández (refiriéndose a la propiedad de algunos sitios de Irapuato).
2) El 8 de enero de 1564 don Andrés López representando a don Francisco recibió y tomó posesión del sitio mercedado.
3) En 1589, por virtud de la Cédula llamada de "Congregaciones", dejó de ser Estancia para convertirse en Congregación de Irapuato.
Aunque Rodríguez Frausto reconoce el trabajo histórico de Pedro Martínez de la Rosa por haberlo fundamentado en el Archivo General de la Nación y en algunos juzgados de Irapuato, afirma que confundió el significado de "Estancia" como unidad agropecuaria, con una "unidad urbana", como lo demuestra en su libro "Apuntes para la historia de Irapuato" en donde comenta: "se debe advertir que una es la fecha de expedición de la merced que se otorga y otra bien distinta la fecha en que se da posesión de¡ sitio mercedado", más importante es lo segundo, ya que es cuando se puede iniciar su explotación.
Martínez de la Rosa propuso entonces como fecha de fundación de Irapuato el 30 de abril de 1557 por haberse otorgado y firmado en esa fecha la Merced, aún cuando don Francisco Hernández tomó posesión de la tierra algún tiempo después.
Al respecto, J. Jesús Rodríguez Frausto, basándose en una Memoria y Relación Jurada (22 de mayo de 1710) del bachiller Domingo Bravo de Laguna Comisario del Santo Oficio de la Inquisición por el Partido de Irapuato, que registra al "Sitio de Irapuato", pone en entredicho la fecha propuesta por Martínez de la Rosa, argumentando que no era posible la urbanización del lugar en el corto periodo en que fue dueño Francisco Hernández (del 30 de abril al 11 de septiembre de 1556). Al presentar los títulos y sucesiones de las tierras poseídas, el bachiller Bravo de Laguna describe:
El virrey don Luis de Velasco hace merced de un sitio de estancia para ganado mayor el 30 de abril de 1556 en favor de Francisco Hernández quien por donación del 11 de septiembre de 1556 reparte sus tierras entre Guillermo Plancarte Pedro González y Gerónino Jiralde Isabel Hernández (esposa de don Juan Pérez Quintana) heredera del anterior, finalmente vende parte del predio a Alonso Díaz.
Según afirma Rodríguez Frausto, fue en la parte que le correspondió a Gerónimo Jiralde donde se formó Irapuato, pues menciona una petición que suscribieron Juan de Aróstegui, Domingo Azconobieta, Carlos Antonio Tolenares y Antonio Marañón como representante de los vecinos de la "Congregación de Nuestra Señora de la Concepción de Irapuato", el 17 de septiembre de 1710. Afirma además que Isabel Hernández tomó una pequeña porción para que de ahí surgiera la Congregación aproximadamente 140 años atrás, llamándole al sitio "Nuestra Señora de los Remedios". Don Juan Pérez Quintana, sucesor, donó a muchas personas tierras que fueron habitadas, en cuya superficie se erigió la Iglesia Parroquial, la Iglesia del Hospitalito de Nuestra Señora de la Misericordia, la de El Señor San José y la de Nuestra Señora de la Soledad.
En cuanto a la jurisdicción política de Irapuato, Rodríguez Frausto comprueba por medio de varios documentos originales pertenecientes al Archivo Histórico de León, que en sus orígenes esta ciudad se hallaba adscrita a la Alcaldía Mayor de las Minas de Guanajuato; que posteriormente dependió de la Alcaldía Mayor de León, desde 1580 hasta los albores del siglo XVII, y que cuando se fundó la Villa de Salamanca pasó a estar bajo la jurisdicción de ella.
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